Dans une petite ville paisible du Kyushu, au Japon, une jeune fille de 17 ans, Suzume, rencontre un homme qui dit voyager à la recherche d'une porte. Décidant de le suivre dans les montagnes, elle découvre une porte délabrée trônant au milieu de ruines, seul vestige ayant survécu au passage du temps. Cédant à une inexplicable impulsion, Suzume tourne la poignée, et d'autres portes s'ouvrent alors aux quatre coins de l'archipel, laissant passer toutes les catastrophes qu'elles renfermaient. Ainsi débute le périple de Suzume, contrainte de clore les portes reliant passé, présent et futur...