In New Gotham sind die Legenden von Batman, Robin, Nightwing, Red Hood und den Turtles miteinander verschmolzen. Bruce, Leo, Raphael, Donatello und Michelangelo kampfen als Team gegen das Bose. Um den auerirdischen Eroberer Krang zu stoppen, mussen sich die Helden jedoch an ihre wahren Geschichten, aber auch Feinde wie Shredder und den Joker erinnern.